Su producción escrita se encuentra dividida en dos etapas opuestas: una primera de entusiasta adhesión a Juan Manuel de Rosas y una posterior marcada por la cárcel, el exilio en Montevideo y una furibunda oposición antirrosista. Durante la primera mitad de la década de 1830, redactó versos de propaganda popular como El himno a los restauradores (¡Oh, gran Rosas! tu pueblo quisiera/ mil laureles poner a tus pies;/ más el gozo no puede avenirse/ con el luto y tristeza que ves) y La Mazorca (Aqueste marlo que miras,/ De rubia chala vestido,/ En los infiernos ha hundido, /A la unitaria facción). En 1835 compuso La Volkameria, una obra poética dedicada a Agustina Rosas de Mansilla. En el plano periodístico, este alineamiento le permitió desempeñarse como redactor de La Gaceta Mercantil, donde compartió redacción con figuras como Pedro de Angelis y Bernardo de Irigoyen. Asimismo, en enero de 1834 fundó y redactó, junto a Bernardo Vélez Gutiérrez, el diario El Imparcial. En 1835 publicó sus Apuntes sobre el asesinato del General Quiroga. Ese mismo año editó el ensayo político El voto de América, donde analizaba la conveniencia de enviar embajadores a Madrid para acelerar el reconocimiento de la independencia. Esta postura derivó en una célebre polémica intelectual con Juan Bautista Alberdi, quien refutó sus planteamientos publicando su Contestación al voto de América. Tras sufrir el encarcelamiento, la postura de Rivera Indarte experimentó un giro que lo llevó finalmente al exilio en Montevideo. En 1840 editó el periódico El Talismán y en 1841 fundó, junto a Juan María Gutiérrez, la publicación Tirteo. Como editor de El Nacional, dedicó gran parte de sus esfuerzos a justificar la intervención extranjera y la resistencia regional frente a Buenos Aires. Fruto de ello fueron sus ensayos Epítome de la cuestión francesa en el Río de la Plata (1840), Bloqueo del Puerto de Montevideo por la escuadra de Rosas (1844) y la Demostración de la legitimidad de la independencia de la República del Paraguay (1845). El punto central de su campaña unitaria llegó en 1843 con la publicación de su obra más famosa: Rosas y sus opositores. Este libro incluyó las Tablas de Sangre, una exuberante enumeración de crímenes atribuidos al gobierno federal. En el apéndice de este volumen, Rivera Indarte acuñó la célebre frase: "Es acción santa matar a Rosas". En 1853, después de Caseros, la Imprenta de Mayo publicó una edición póstuma de sus Poesías, la cual incluyó un ineludible estudio biográfico y crítico escrito por Bartolomé Mitre (Estudios sobre la vida y escritos de José Rivera Indarte). La mayoría de estos libros y publicaciones periódicas se encuentran actualmente disponibles para su consulta en la Hemeroteca Digital y catálogo web de la Biblioteca Nacional, así como en formato papel, para su consulta en la Sala del Tesoro.